Einfache und genaue Quantifizierung von Mutationssignaturen in Tumoren
Gruppe Medo Prof. Dr. Matúš Medo
Mutationen im Genom sind oft nicht zufällig, sondern folgen bestimmten Mustern. Diese Muster, Mutationssignaturen genannt, sind Spuren biologischer Prozesse oder früherer Expositionen gegenüber bestimmten Karzinogenen. Mutationssignaturen können zur Aufklärung der Tumorentwicklung beitragen und prognostische und therapeutische Auswirkungen haben.
Die mathematische Schätzung von Signaturaktivitäten ist ein hochdimensionales statistisches Problem. Obwohl viele Tools zur Signaturanalyse entwickelt wurden, zeigte eine aktuelle Analyse, dass kein Tool unter allen Bedingungen die beste Leistung erbringt.
Wir schlagen vor, das leistungsstärkste Tool für eine bestimmte Aufgabe, Krebsart und Anzahl von Mutationen zu ermitteln. Dies wird durch umfangreiche vorherige Tests der vorhandenen Tools an synthetischen Daten unter verschiedenen Bedingungen erreicht. Wir schlagen ausserdem vor, ein neues Tool zu entwickeln, das Mutationen explizit einbezieht, die durch keine bekannte Signatur gut erklärt werden können.
Mit den beiden vorgeschlagenen Tools wollen wir kostspielige Sequenzierungsdaten optimal nutzen und fundierte Entscheidungen für die Behandlung von Patienten treffen.
